功能医学其实是以现代西医为根，融合了传统中医的思维，正因为这样，其与现代西医有了本质的差异。现代西医学检查诊断是什么病？找出致病的单一原因，将不同病症分开认定，病理诊断作为金标准。功能医学探究为什么生病？检测评估的是健康状态或功能状态，考虑复杂的内部连动关系及不同病症间的关联性，将身体功能状态具体量化。
现代医学的特点是发现已病，不能发现未病，也不能发现欲病（即亚健康）；是只见疾病而不见健康。因为人的本来正常状态就是健康状态的，所以也有人说，西医只治病不治人。其明显具有以下几大特征：
1、等待医学：只有等到疾病发生时才会采取措施，在疾病之前的时期却没有诊断和干预方法，更没有身体机能评估。；
2、标签医学：以疾病名称与医师专科作分类标签，将疾病名称这种标签作为诊断和治疗依据，缺乏整体性和连续性，疾病没有层次性。
3、对抗医学：视疾病如寇仇，只知一味打击病灶，而不知事实上造成两败俱伤，使用对抗思维与治疗手段。
4、痛苦医学：病人只获得症状上之暂时缓解，而无法真正找回健康与快乐，药物与手术的治疗方法经常给身体带来巨大的损害。
5、对症医学：医生考虑的只是消除患者暂时的不适，而没有去考虑不适背后的原因，从而没有真正地去治疗疾病。
6、疾病医学：其关心的是患者所发生的疾病，而不是关心患者的身体健状态，医生只懂疾病而不懂健康，就是医生自己的健康状态也十分让人担忧。
而功能医学不像现代西医学治疗的是一个又一个症状，其寻找不同疾病产生的真正原因。同一疾病不同人可能有不同原因，不同疾病可能有同一原因，任何微小的问题都是功能医学的线索。大家都知道，医院临床医生把颈、背、腰疼看作小问题，不努力去解决，在医学博士们眼中，背腰痛与心脏病、糖尿病、风湿病不是同一等次，但功能医学专家眼中它们有时就是同一个问题，甚至问题更严重。
功能医学是寻找病因的医学。功能医学是以病人为中心的最好的康复医学，而不是孤立地治疗疾病。它治疗那些有身体不适、身体健康平衡丢失和身体机能障碍的人群。平常所知的糖尿病、癌症、纤维肌疼只是看得见的身体状况出现问题的冰山一角，根据功能医学，引起身体改变的失衡原因是冰山水面下看不见的部分，而这部分更大、更多。疾病和身体不适或机能障碍的原因是身体系统的长期失衡的结果，只有找到冰山下面的原因，健康才有希望。如果如目前医疗那样治疗只是针对疾病，只看到冰山的尖，那很少可以让疾病长期缓解，而功能医学是针对其下面的原因，因此不仅可以长期缓解，还能恢复健康。
使用科学的原理、先进的检测评估、除药物和手术外的治疗方式，功能医学还能恢复身体的基本平衡，达到患者恢复终身的最佳健康。功能医学寻找生病的根本原因而恢复健康，而不是告诉你如何与疾病共存。不要医生告诉你接受自己患病，学会与疾病长期共存，去了解疾病的原因。
在现代西医和医疗中，牙齿问题要看牙医、高血压要看心内科医生、高血糖要看内分泌科医生，而很少有医生会考虑这些可能就是因为一种原因。医院经常看到一位病人有高血糖、高血压、高血脂、脂肪肝和关节炎，在医院看了不同科的医生，开了不同的药，但身体健康却越来越差，当他来咨询我时，每天正在服用10多种药物。很难想象这位病人能恢复健康，如果继续下去等不到因疾病并发症而死已先被药物*死了。医院，一旦患病，让你看不到希望和未来。
功能医学专家不是技术员和工程师，不是只看到人患的疾病，更重要的是看到患病的人，这才是真正的医生。功能医学专家都是医学家，而现代西医医生们更多时候只能称作“技师”而已。
治疗症状与治疗个人：在今天占主导的西方医学，医学用于去除病人症状，如果病人停止服药，症状就又会回来。功能医学进入不同健康问题的原因，而不是回避，目的是恢复机体天生的功能。虽然功能医学专家也开医药处方，但目的是使病人往健康方向发展，最终达到不再用药的目的。例如，传统的医生常开奥美拉唑缓释剂、兰索拉唑去治疗反酸或胃灼热，当病人停止服用时，胃灼热、反酸症状就又回来了。相反，功能医学专家可能发现反酸由幽门螺旋菌引起，消除幽门螺旋菌将让反酸永远消除。同时，功能医学专家又发现，为什么出现幽门螺旋杆菌感染是因为客户胃酸分泌低——为幽门螺旋杆菌感染提供了条件。为什么胃酸分泌低，功能医学专家又发现是因为客户饮食结构和压力所致。那么，反酸或胃灼热让功能医学专家给的处方是调理饮食结构和缓解压力，感染严重可辅助使用抗幽门螺旋杆菌类药物，但这些化学药物仅仅是作为临时辅助而不是治疗的根本。
注意功能医学治理相同的症状时在不同病人方法差异巨大。许多不同的因素可能导致相同症状，如有*化学物质、病原菌、寄生虫、长期病*病原体、不良情绪像愤怒、贪婪、嫉妒等可能导致身体疲劳、无力，但评估与治疗会有很大不同。医院每个患者的治疗几乎一样，而功能医学在干预时，每位患者可能都不相同。
今天的健康保障系统出现了问题，我们主流医学对急性疾病效果好，而对慢性疾病却显得无能。如果你突发心脏病或急性肺感染，你应该迅速寻求现代医疗和医生进行快速治疗，例如手术、急救和使用抗生素抗感染。但是这些手段在那些慢性疾病、退化性疾病和衰弱性方面却不能够有效，例如糖尿病、心脏疾病、关节炎等，那就需要功能医学。
为了治愈慢性疾病，功能医学使用2个科学的基本治疗原则：
1、使用一些手段促进机体自我修复能力增强，如添加身体所缺的营养，推进身体慢慢回到最佳机能状态。
2、找到干扰和损害机体的因素，如进人身体引起身体损害的有*物质，予以排除，使身体恢复健康状态。
这就是中医讲的“祛邪扶正”。
坦白地讲，身体都有自愿恢复健康的趋向，但是对于机体最佳功能需要的东西可能缺失，或许某些东西占据了维持最佳功能所需要的位置。功能医学首先确认那些导致失去功能状态的因素，然后以适合病人自身状态的方式处理那些因素。
功能医学专家最常使用先进的实验室检测评估方法去确认导致病人健康问题的根本原因，传统的医疗检查诊断方法也会给予帮助，如询问病史和症状、询问生活方式和运动情况等。在调理和治疗方面，功能医学专家综合运用天然的元素（如营养补充元素、草药、营养制剂、顺势疗法等）、营养、生活方式改变、精神辅导和药物等。另外，健康教育使患者认识健康、自愿维护自己健康，最终促成调治的最大成功。
功能医学并不是全新的，他实际上是代表了回到医学的根本。正如功能医学的先驱WilliamOsler所说“好的医生治疗疾病，而伟大的医生治疗病人。”OslerL另一有名的话是：“如果你认真仔细向你的病人聆听，他们将告诉你诊断。”也正如古人讲的，“有时去治愈，常常去帮助，总是去安慰”，这才是医生真正要做的，随便使用化学药物是不负责任的，是医疗发展的琦形！
功能医学的作用：功能医学具有更加深远的功能作用。“功能”一词是相对于西医“病理”来说的，也就是说功能医学对人体的评估要比现代西医早了很多，在人体组织、器官、系统出现功能下降或障碍时就进行评估，找到出现障碍的原因，然后进行干预、消除这种障碍，或提高组织功能的水平。这样，功能医学对人体的评估就早了很多，那么功能医学就有了预测的功能；因为还没出现疾病就进行干预，预防了严重后果发生，从而功能医学具有预防功能；就算已发展到疾病状态，功能医学可以找到疾病发生的原因，针对病因治疗，促使身体自我康复，疾病消除，这是功能医学的治疗作用；另外，功能医学能够提高器官的功能，具有提高生命活力，抗衰老和延年益寿的功能。
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