运动神经元病目前还没有很好的治疗方法，因为这个疾病目前还没有找到特效的治疗方法，基因疗法、干细胞移植等治疗方法，目前多数还都处于实验阶段，还没有在临床中广泛使用，疗效也还没有得到更进一步的确证。所以目前只是对症的治疗，临床有一个药物叫做利鲁唑，是被批准用于运动神经元病的一种药物，但是它也不能治愈该病，但有部分病人使用以后病情可以发展得慢一些，病情能得到一定程度的缓解，但是并不能阻止它的最终的进展。
本病的症状会逐渐加重，病人的生存期一般不会太长。到后期因为肌肉的萎缩、无力，会累及到呼吸肌，而造成呼吸困难，出现呼吸衰竭，或者继发肺部感染的不良后果。因为吞咽的功能障碍也可以引起误吸，导致肺炎，即病人常常因为很多并发症而走向死亡。
运动神经元损伤的治疗包括病因治疗、对症治疗和各种非药物治疗，具体如下：第一、病因治疗的发展方向包括抗兴奋性氨基酸*性、神经营养因子、抗氧化和自由基清除，以及新一代的钙离子通道阻断剂、抗凋亡、基因治疗以及神经干细胞移植，但目前没有一个有效的治疗方法。第二、对症治疗，运动神经元损伤病变是运动神经元进行性变性疾病，最终会因为呼吸衰竭而死亡，没有有效的治疗手段，患者主要产生流涎、痛性痉挛、舒张期震颤、痉挛、疼痛及吞咽和营养障碍，所以对症治疗可以改善患者的生存状态。第三、心理治疗。第四、康复治疗。第五、终末期患者呼吸衰竭的防治。
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